Kursthemen
Inhalt
Die DREAM Challenges sind wissenschaftliche Wettbewerbe mit dem Ziel, die Aufmerksamkeit vieler Forschungsteams auf eine bestimmte Fragestellung der Systembiologie zu lenken. Durch die Beiträge vieler Nicht-Experten erhofft man sich einen insgesamt höheren Erkenntnisgewinn als durch die Forschung eines einzelnen spezialisierten Teams.
Das Ziel der Prostatakrebs DREAM Challenge 2015 war, die Prädiktion der Überlebenszeit von Prostatakrebspatienten zu verbessern. Hierzu wurden Daten von 1600 Patienten aus klinischen Studien zur Verfügung gestellt. Die Evaluierung der Prädiktion erfolgte durch die Organisatoren des Wettbewerbs anhand eines weiteren, den Teilnehmern nicht zugänglichen Datensatzes. Anhand von Zwischenbewertungen konnten die Teilnehmer ihre eigenen Modelle untereinander vergleichen.
Dieser Kurs soll Grundlagen für die Auswertung klinischer Studien anhand der Prostatakrebs DREAM Challenge vermitteln. Jede der wöchentlichen Kurseinheiten behandelt ein dafür relevantes Thema. In praktischen Übungen werden die Teilnehmer aufgefordert, die gelernten Prinzipien auf die zur Verfügung gestellten Daten anzuwenden. In regelmäßigen Abständen reichen die Studierenden Überlebenszeit-Prädiktionen ein, die wie im Wettbewerb anhand eines zurückgehaltenen Testdatensatzes evaluiert werden.
Themen
- 08.11.2016:
- Allgemeine Einführung
- 15.11.2016:
- Tools für Projektarbeit in Gruppen
- Data Cleaning
- Ausreißeranalyse
- Kreuzvalidierung
- 22.11.2016:
- Modellwahl
- 29.11.2016:
- fehlende Daten, Datenimputation
- 06.12.2016:
- Rekalibrierung
- 13.12.2016:
- Regularisierung
- Ereignisdaten-Tabellen
- 20.12.2016:
- zensierte Daten
- Cox-Modell
- 10.01.2017:
- Subchallenge 2
- Precision Recall Curve, PR-AUC
- 17.01.2017:
- Random Forests
- 24.01.2017:
- Model Averaging
- 31.01.2017:
- Praxisarbeit im CIP-Pool
- 07.02.2017:
- Abschlusspräsentationen
- 08.11.2016:
Teilnahme am Kurs
Spielregeln für den Wettbewerb
- Studierende schließen sich zu Gruppen zusammen.
- Prädiktionen werden in drei Zwischenrunden und einer Endrunde über diese Seite abgegeben.
- Die Gewinner werden auf Basis des iAUC und RMSE ermittelt. Die endgültige Entscheidung liegt bei der Kursleiterin.
- Wir achten auf Fairness, wie in der ersten Kursstunde besprochen.
Zeitlicher Ablauf des Wettbewerbs
- Erste Zwischenrunde: 15.-27. November 2016 (23:55 Uhr), 5 Prädiktionen pro Gruppe und Subchallenge (1a und 1b)
- Zweite Zwischenrunde: 28. November - 18. Dezember 2016 (23:55 Uhr), 5 Prädiktionen pro Gruppe und Subchallenge (1a und 1b)
- Dritte Zwischenrunde: 19. Dezember 2016 - 22. Januar 2017 (23:55 Uhr), 5 Prädiktionen pro Gruppe und Subchallenge (1a und 1b)
- Endrunde: 23. Januar - 5. Februar 2017 (23:55 Uhr), 2 Prädiktionen pro Gruppe und Subchallenge (1a, 1b und 2)
Bewertungsgrundlage für die Kursteilnahme
- Aktive Beteiligung an Kursarbeit und Diskussionen
- Prädiktionsgüte
- Schriftliche Ausarbeitung am Kursende
- Mündliche Präsentation in der letzten Kursstunde
Materialien
Abgaben
Zwischenergebnisse
Subchallenge 1a, Runde 1
Stand: 29.11.16
Subchallenge 1b, Runde 1
Stand: 29.11.16
Subchallenge 1a, Runde 2
Stand: 10.01.17
Subchallenge 1b, Runde 2
Stand: 10.01.17
Subchallenge 1a, Runde 3
Stand: 23.01.17
Subchallenge 1b, Runde 3
Stand: 23.01.17
Subchallenge 1a, Endrunde
Stand: 06.02.17
Subchallenge 1b, Endrunde
Stand: 06.02.17
Subchallenge 2, Endrunde
Stand: 06.02.17
Subchallenge 1a, Zusatzrunde
Stand: 23.03.17
Subchallenge 1b, Zusatzrunde
Stand: 23.03.17
Subchallenge 2, Zusatzrunde
Stand: 23.03.17
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